Così come i Comuni, l'Unione dei Comuni è dotato di un organo analogo alla Giunta comunale, denominato Giunta dell'Unione .
Esso costituisce l'organo di amministrazione dell'Unione al quale spetta dare attuazione agli indirizzi generali determinati dall'Assemblea. Esso compie tutti gli atti che non siano riservati dalla legge o dallo Statuto all'Assemblea e che non rientrino nelle competenze del Presidente, del Segretario, del Direttore (se nominato) e dei Responsabili degli Uffici e dei Servizi.

La Giunta dell'Unione è costituito da 4 membri oltre il Presidente, eletti dall'Assamblea. La Giunta  così costituito dura in carica 1 (uno) anno ad eccezione del Presidente che resta in carica fino ad esaurimento del proprio mandato nel Comune di provenienza, ovvero fino al rinnovo di almeno il 50% dei Consigli comunali partners.
Al fine di garantire equa rappresentanza di tutti i Comuni associati, ad ogni rinnovo la composizione del Consiglio di amministrazione dovrà prevedere l’inserimento del rappresentante del Comune escluso l’anno precedente. Il Comune temporaneamente escluso può partecipare alle sedute della Giunta dell'Unione  senza diritto di voto.

L'attività della Giunta dell'Unione  è collegiale. Viene convocato dal Presidente dell'Unione e delibera con l'intervento della maggioranza dei componenti assegnati a maggioranza assoluta dei voti, purché non inferiore a tre.
Alle deliberazioni dei Consiglio si applicano le norme previste dalla legge in ordine ai pareri, alla forma, alle modalità di redazione, pubblicità e controllo; le stesse sono sottoscritte dal Presidente e dal Segretario.

Attualmente, la Giunta dell'Unione è composto dai seguenti membri:

• Maurizio Cuccu (Comune di Serdiana)
• Ivan Piras (Comune di Dolianova)
• Fedele La Delfa (Comune di Soleminis)
• Gianluigi Puddu (Comune di Settimo San Pietro)