Il Direttore Generale è l'organo cui compete, con responsabilità manageriale, l'attività di gestione per l'attuazione degli indirizzi programmatici e degli obiettivi individuati dall'Unione.

Il Direttore, in particolare:

• predispone il piano dettagliato degli obiettivi propedeutico al controllo di gestione, nonché la proposta di piano esecutivo di gestione;
• esegue le deliberazioni degli organi collegiali;
• formula proposte al Consiglio di Amministrazione;
•  sottopone al Comitato Esecutivo, corredandoli con apposite relazioni, gli schemi della relazione previsionale e programmatica, dei bilanci preventivi pluriennali e annuali, nonché del conto consuntivo;
• interviene alle riunioni del Consiglio di Amministrazione  e dell'Assemblea, senza diritto di voto;
• adotta i provvedimenti intesi a migliorare la produttività dell'apparato dell'ente;
• dirige il personale ad eccezione del Segretario dell' ente;
• irroga i provvedimenti disciplinari non assegnati dalla legge, dallo Statuto o dal regolamento, ad altri organi;
• presiede le commissioni di gare e di concorso e stipula i contratti;
• firma la corrispondenza e gli atti che non siano di competenza del Presidente del Consiglio di Amministrazione. .

Attualmente il Direttore generale dell'Unione è la Dott.ssa Pietrina Francesca Canu