Il Presidente dell'Unione dei Comuni svolge le stesse funzioni del Sindaco, ossia rappresenta l'Ente, assicura l'unità dell'attività dell'Unione e costituisce l'organo di raccordo tra l'Assemblea e la Giunta dell'Unione. Di tali organi convoca e presiede le riunioni.
Adotta tutti gli atti e assume le determinazioni concernenti l'amministrazione dell'Unione, che gli sono attribuite dalla legge, dallo Statuto e dai regolamenti.

In caso di impedimento temporaneo o di sua assenza le funzioni del Presidente dell'Unione sono svolte da un vicepresidente, nominato dal Presidente dell'Unione tra i componenti della Giunta dell'Unione.

Il Presidente dell'Unione dei Comuni del Parteolla e Basso Campidano è, attualmente, Maurizio Meloni Sindaco del Comune di Donori.